相続登記と売却時の登録免許税の違いを徹底解説：算出方法から節税、生前対策まで

はじめに

相続した不動産に関する手続きは多岐にわたり、中でも「登録免許税」は避けて通れない費用の一つです。

この税金は、不動産を相続した際に行う「相続登記」と、その不動産を売却する際に行う「所有権移転登記」とで、計算方法や納税義務者が異なります。

「いったいどれくらいの費用がかかるのか」「どうすれば税負担を軽減できるのか」といった疑問をお持ちの方もいらっしゃるでしょう。

本記事では、相続登記と売却時の登録免許税について、その違いや算出方法、利用できる特例、そして生前のうちから検討できる対策まで、専門的な視点から詳しく解説します。

ご自身の状況に合わせた最適な判断をするための材料としてご活用ください。

目次

• 登録免許税とは？不動産登記に欠かせない税金の基本
  • 登録免許税の定義と納税義務者
  • 課税標準と税率の基礎知識
• 相続登記における登録免許税の計算方法と注意点
  • 相続登記の登録免許税：計算式と具体的な例
  • 相続登記の登録免許税における特例措置
  • 相続登記の義務化と期限
• 相続した不動産を売却する際の登録免許税
  • 売却時の登録免許税：所有権移転登記と抵当権抹消登記
  • 売却益に対する登録免許税は発生しない
• 相続登記と売却時の登録免許税、それぞれの費用負担の違い
  • 相続登記と売却時、登録免許税の比較表
  • 登録免許税以外の費用：司法書士報酬と税金
• 登録免許税を抑えるためのポイントと生前対策
  • 生前のうちに検討できる税負担軽減策
  • 相続発生後に利用できる特例・注意点
• よくある質問（Q&A）
  • Q: 相続登記をせずに売却できますか？
  • Q: 登録免許税は誰が負担するのですか？
  • Q: 登録免許税はどこに納めますか？
• まとめ

登録免許税とは？不動産登記に欠かせない税金の基本

登録免許税の定義と納税義務者

登録免許税とは、不動産登記をはじめとした登記や登録、免許、許可などを受ける際に国に納める国税です。不動産においては、所有権の保存、移転、抵当権の設定・抹消など、様々な登記に課税されます。

この税金は、登録免許税法に規定されており、登記の種類や内容に応じて税額が計算されます。

納税義務者は、原則として登記を申請する人です。例えば、相続登記であれば不動産を相続した相続人が、売買による所有権移転登記であれば不動産を取得した買主が納税義務者となります。

課税標準と税率の基礎知識

登録免許税の税額を計算する上で、重要な要素が「課税標準」と「税率」です。

• 課税標準： 原則として、不動産の固定資産税評価額が用いられます。ただし、抵当権設定登記など、登記の種類によっては債権金額が課税標準となる場合もあります。
• 税率： 登記の種類に応じて、課税標準に乗じる税率が登録免許税法や租税特別措置法で定められています。

これらの課税標準と税率の組み合わせによって、具体的な登録免許税額が算出されます。

相続登記における登録免許税の計算方法と注意点

相続登記の登録免許税：計算式と具体的な例

相続によって不動産の所有権が移転した場合に行う相続登記には、登録免許税が課されます。

• 計算式： 登録免許税額 ＝ 固定資産税評価額 × 0.4%

この税率は、登録免許税法第7条および別表第一で規定されています。

具体的な例：
固定資産税評価額が2,000万円の土地（課税標準）を相続した場合の登録免許税は、以下のようになります。

2,000万円（固定資産税評価額） × 0.4% ＝ 8万円

この固定資産税評価額は、毎年送付される固定資産税納税通知書に記載されています。ご自身で計算する際の参考にしてください。

相続登記の登録免許税における特例措置

特定の要件を満たす場合には、租税特別措置法により登録免許税が免除される特例措置が設けられています。

• 所有者不明土地問題解消のための特例措置：
  不動産価額が100万円以下の土地に係る相続登記については、租税特別措置法第84条の2の3に基づき、令和7年3月31日までの間に限り、登録免許税が免除されます。

この特例が適用されるのは、市街化調整区域内の土地や、複数の相続人で共有になった土地で、各持分の固定資産税評価額が100万円以下の場合など、細かな要件がありますので注意が必要です。詳細については国税庁のウェブサイトなどで最新情報をご確認ください。

相続登記にかかる費用全般について、さらに詳しく知りたい方はこちらの記事もご参照ください。

相続登記の義務化と期限

不動産登記法改正により、2024年4月1日から相続登記が義務化されました。

不動産を取得した相続人は、その取得を知った日から3年以内に相続登記の申請をしなければなりません（不動産登記法第76条の2）。

正当な理由なくこの期間内に登記申請を行わない場合、10万円以下の過料が科される可能性があります。相続登記の義務化は、所有者不明土地問題の解消を目的としています。

義務化に伴い、相続人申告登記という簡易な手続きも導入されています。これは相続人が不動産を相続したことを申告するもので、これにより3年の義務期間を遵守したとみなされます。しかし、権利関係を確定させるものではないため、最終的には正式な相続登記が必要です。

参考：法務省｜相続登記の申請義務化について

相続した不動産を売却する際の登録免許税

売却時の登録免許税：所有権移転登記と抵当権抹消登記

相続した不動産を売却する場合、売主はまずその不動産を自己名義に相続登記する必要があります。その後、買主への所有権移転登記を行うことになります。

売却時に発生する登録免許税は、主に以下の2種類です。

1. 売買による所有権移転登記（買主負担）

不動産の売買契約が成立した後、買主が所有権移転登記を行います。この際の登録免許税は、原則として買主が負担します。

• 計算式： 登録免許税額 ＝ 固定資産税評価額 × 2.0%（原則）

ただし、特定の条件を満たす場合には、税率が軽減される特例が適用されることがあります。

• 土地の売買による所有権移転登記： 令和8年3月31日までの間に限り、税率が1.5%に軽減されます（租税特別措置法第72条）。
• 住宅用家屋の所有権移転登記： 一定の要件を満たす住宅用家屋（居住用として購入した場合など）については、0.3%まで税率が軽減される場合があります（租税特別措置法第73条）。

2. 抵当権抹消登記（売主負担）

もし相続した不動産に被相続人（故人）の住宅ローンなどが残っており、抵当権が設定されている場合、売却に際してはそのローンを完済し、抵当権を抹消する必要があります。

• 計算式： 登録免許税額 ＝ 不動産1個につき1,000円

この抵当権抹消登記の登録免許税は、原則として売主が負担します（登録免許税法別表第一）。

抵当権付き相続不動産の売却については、こちらの記事で詳しく解説しています。

売却益に対する登録免許税は発生しない

不動産を売却して利益（譲渡所得）が出た場合に課される税金は、「譲渡所得税」であり、登録免許税ではありません。

譲渡所得税は、所得税と住民税から構成され、不動産の所有期間（短期譲渡所得か長期譲渡所得か）によって税率が大きく異なります。

登録免許税は「登記」という行為に対して課される税金であり、不動産の売却益に対して直接課されるものではない点を理解しておくことが重要です。

参考：国税庁｜No.7191 登録免許税の税額表

相続登記と売却時の登録免許税、それぞれの費用負担の違い

相続登記と売却時、登録免許税の比較表

相続登記と売却時（売買による所有権移転登記および抵当権抹消登記）の登録免許税について、主な違いを以下の表にまとめました。

項目	相続登記	売買による所有権移転登記	抵当権抹消登記
納税義務者	不動産を取得した相続人	不動産を取得した買主	（原則）売主（抵当権設定者）
課税標準	固定資産税評価額	固定資産税評価額	不動産1個
税率（原則）	0.4%	2.0%	1個につき1,000円
主な特例	特定土地の免税措置（租税特別措置法第84条の2の3）など	土地の税率軽減（1.5%）、住宅用家屋の軽減（0.3%）（租税特別措置法第72条、73条）など	なし

登録免許税以外の費用：司法書士報酬と税金

不動産の手続きには、登録免許税以外にも様々な費用が発生します。

相続登記の場合

• 司法書士報酬： 登記手続きを司法書士に依頼する場合の費用です。不動産の数や評価額、手続きの複雑さによって変動します。
• 戸籍謄本等取得費用： 相続関係を証明するための書類取得費用です。

相続登記にかかる費用はどのくらい？司法書士報酬の目安とご自身で手続きを進める際の考慮点

売却の場合

• 仲介手数料： 不動産会社に売却を依頼した場合に発生する費用です。
• 測量費用： 境界が不明確な場合など、土地家屋調査士に依頼して測量を行う費用です。
• 印紙税： 不動産売買契約書に貼付する印紙代です。
• 譲渡所得税： 不動産を売却して利益が出た場合に課される税金です。

これらの費用も登録免許税と合わせて考慮に入れ、全体的な負担を把握することが重要です。

ご自身で相続手続きを進めるリスクと専門家への依頼を検討する判断基準については、こちらの記事をご参照ください。

登録免許税を抑えるためのポイントと生前対策

生前のうちに検討できる税負担軽減策

相続は突然訪れるものですが、生前の準備によって、相続時の手続きや税負担を軽減できる場合があります。

• 遺言書の作成： 遺言書によって遺産分割の内容を明確にしておくことで、相続登記がスムーズに進み、不要なトラブルや手続きの遅延を防ぐことができます。これにより、特定空き家に関する特例措置の期限切れといった機会損失を防ぐことにも繋がります。
• 家族信託の検討： 不動産の管理や処分を生前から特定の受託者（例：お子様）に託す「家族信託」は、将来の所有権移転のタイミングをコントロールし、相続税・登録免許税の負担を軽減できる可能性があります。ただし、信託設定時にも登録免許税がかかるため、専門家と費用対効果を慎重に検討する必要があります。
• 生前贈与の検討： 不動産を生前贈与することも、相続財産の評価額を減らし、将来の相続税を軽減する効果が期待できます。ただし、贈与時には贈与税や登録免許税（贈与による所有権移転登記は原則2.0%）が発生します。相続時精算課税制度なども含め、全体の税負担を比較検討することが重要です。
• 不動産の適正な管理・活用： 生前から不動産の状態を把握し、例えば空き家対策特別措置法で特定空き家に指定されるリスクを避ける、あるいは駐車場や倉庫として活用するなどで、将来の不動産価値を維持・向上させることも、結果的に税負担や処分時の選択肢に影響を与えます。

相続発生後に利用できる特例・注意点

相続発生後でも、利用できる特例措置がないか確認することが大切です。

• 免税措置の活用： 上述した不動産価額100万円以下の土地に係る相続登記の免税措置（租税特別措置法第84条の2の3）など、要件に合致すれば活用を検討しましょう。これらの特例には期限が設けられている場合が多いので、最新の情報を確認し、期限内に手続きを進めることが重要です。
• 相続人申告登記： 相続登記の義務化に伴い新設された制度で、不動産を相続した旨を申告することで、まずは3年の義務期間を遵守したとみなされます。本格的な相続登記には時間を要する場合があるため、この制度を一時的な対応として活用することも有効な選択肢です。ただし、権利関係を確定させるものではないため、最終的には相続登記が必要です。
• 早期の専門家相談： 相続登記や売却には専門的な知識が必要となるため、ご自身の状況に合わせた最適な判断をするためにも、早めに司法書士や税理士、行政書士、不動産コンサルティングマスターなどの専門家に相談し、アドバイスを得ることをお勧めします。

よくある質問（Q&A）

Q: 相続登記をせずに売却できますか？

A: 原則として、相続登記をせずに相続した不動産を直接売却することはできません。不動産の売却では、所有権が売主から買主へと移転する登記が必要です。この所有権移転登記を行うためには、まず現在の所有者が誰であるかを明確にするために、被相続人から相続人への所有権移転登記（相続登記）が完了している必要があります。2024年4月1日からは相続登記が義務化されていますので、売却の意向があるなしに関わらず、期限内の登記申請が必要です。

Q: 登録免許税は誰が負担するのですか？

A: 登録免許税の納税義務者は、登記の種類によって異なります。

• 相続登記： 不動産を相続により取得した相続人が納税義務者です。
• 売買による所有権移転登記： 不動産を購入した買主が納税義務者です。
• 抵当権抹消登記： 原則として、抵当権を抹消する側、つまり売主（債務者）が納税義務者となります。

Q: 登録免許税はどこに納めますか？

A: 登録免許税は、原則として、登記申請を行う際に管轄の法務局に印紙（登録免許税額分の収入印紙）を貼付して納付します。または、電子納付（インターネットバンキング等）も可能です。登記申請が完了すると、登記識別情報が発行されます。

まとめ

相続した不動産にかかる登録免許税は、相続登記時と売却時でその性質、計算方法、納税義務者が大きく異なります。相続登記の義務化により、適切な手続きと費用負担の理解は、これまで以上に重要となっています。

固定資産税評価額を課税標準とし、それぞれに定められた税率や特例を適用して算出されますが、特に売却時には買主が負担する所有権移転登記と、売主が負担する抵当権抹消登記の登録免許税が発生する点を把握しておく必要があります。

また、各種の免税措置や軽減税率の適用要件を確認し、生前の遺言書作成や家族信託、生前贈与の検討も、将来の税負担を軽減する選択肢となり得ます。ご自身の状況に応じて、利用できる制度を適切に活用することが、円滑な相続と不動産整理への第一歩となるでしょう。

本記事でご紹介した内容は、一般的な制度や考え方を整理したものです。

不動産の評価や負債の有無、ご家族の関係性など、個々の状況によって最適解は異なります。

ご自身のケースを客観的に整理したい場合は、初回相談を無料でお受けしています。

状況の確認が必要な方は、お気軽にお問い合わせください。

本記事の内容は一般的な情報提供を目的とするものであり、個別の事案については必ず専門家にご相談ください。